Al lugar del que Hernán Cortés había tomado posesión en 1535 llamándolo puerto y bahía de Santa Cruz, el mismo que fue rebautizado con el nombre de La Paz por Sebastián Vizcaíno seis decenios después, llegaron el almirante Isidro de Atondo y Antillón, los jesuitas Eusebio Francisco Kino y Pedro Matías Goñi más varios acompañantes el primer día de abril de 1683. Ahí construyeron un pequeño campamento que denominaron real de Nuestra Señora de Guadalupe, y procedieron a establecer los primeros contactos con los aborígenes guaycuras cuya lengua se dedicaron Kino y Goñi a aprender, en tanto se daban los pasos iniciales para la evangelización.
Algún tiempo después se sumó a la empresa el padre Juan Bautista Copart, quien al cabo logró redactar un catecismo y otros escritos en lengua nativa que aún permanecen ocultos en algunos de los archivos que en varias partes del mundo contienen papeles para la historia californiana.
Debido a dificultades con los nativos, la expedición se trasladó a un punto más al norte, de mayor cercanía a las misiones sonorenses, al que dieron la denominación de San Bruno, que fue la primera misión californiana, aunque de corta duración.
Por circunstancias diversas y adversas, en mayo de 1685 fue levantado el campamento y se puso proa de nuevo al continente.
Fruto de esta empresa es el libro titulado Arte y bocabulario de la lengua neve de las Californias o Carolinas, preparado por Carlos Lazcano Sahagún y Arnulfo Estrada Ramírez, cuya edición en 2020 ha venido a enriquecer notablemente los estudios etnolingüísticos de la tierra californiana.
De regreso a Sonora, el padre Eusebio Francisco quedó asignado a las misiones de esa provincia, y fue durante una visita de su hermano de religión Juan María de Salvatierra que logró entusiasmarlo por un proyecto misionero en California. Ambos solicitaron y obtuvieron las licencias necesarias para ello, a principios de 1697. Ambos se reunieron en Tepotzotlán con el religioso hondureño Juan de Ugarte, y trazaron los proyectos de la nueva empresa, que en lo financiero se apoyaba en el plan de obtener un capital basado en limosnas, que sería llamado “Fondo piadoso de las Californias”, sin auxilio del erario real pero con la concesión de llevar soldados así como nombrar capitán y gobernador.
A punto de partir hacia California, Kino fue impedido de seguir a su compañero por ser necesaria su presencia para apaciguar alzamientos indígenas en el norte sonorense.
Luego del establecimiento de la primera misión permanente de las Californias en la zona guaycura que el jesuita Juan María de Salvatierra y sus acompañantes nombraron de Loreto, Conchó en lengua local, se dio marcha al programa de expandir la conquista al sur y al norte, que en setenta años llegó hasta el extremo sur peninsular, y hacia el norte más allá de los límites de lo que hoy es el estado de Baja California.
En busca de un sitio apropiado para ubicar la misión de La Paz, el propio padre Juan María estuvo en este lugar en 1716, un año anterior a su muerte, y fueron Juan de Ugarte y Jaime Bravo quienes cumplieron tal propósito el 3 de noviembre de 1720 cuando desembarcaron en su playa, y al siguiente día quedó fundada la misión de Nuestra Señora del Pilar en el paraje guaycura llamado Airapí en lengua nativa. De ello se conserva una placa que por iniciativa del doctor Miguel León-Portilla fue instalada en las inmediaciones de las calles Zaragoza y Ocampo de la capital sudcaliforniana, donde, según las referencias documentales, quedó instalada la primera capilla misional.
A los sacerdotes se agregó el religioso zacatecano Clemente Guillén, quien con un pequeño grupo viajó por tierra desde Loreto, en un accidentado pero provechoso recorrido que llegó a La Paz un mes después.
De este acontecimiento debe subrayarse el hecho de que la embarcación que llamaron el Triunfo de la Cruz, en que los dos primeros hicieron la travesía desde la capital loretana, fue la primera construida enteramente en lo que hasta entonces era conocido como las Californias (desde el cabo de San Lucas hasta más allá de San Francisco, en el norte continental).
El establecimiento paceño, noveno en la lista de fundaciones jesuíticas permanentes, se extendió luego a las visitas de San Blas, Ángel de la Guarda y San Hilario. Sirvieron como ministros en ella el mismo sacerdote Bravo (de origen español), William Gordon (escocés) y Sigismundo Taraval (italiano), hasta que debió ser abandonada debido a la hostilidad indígena que tuvo su momento más dramático en la rebelión de 1734 a 1736 que se inició en el sur peninsular y se extendió hasta los confines norteños.
Restablecida al final de la crisis, volvió a cumplir sus funciones esporádicamente, pero las epidemias que enseguida se abatieron sobre la región redujeron a tal grado la población aborigen que fue definitivamente abandonada en 1749.
Diecinueve años después, el visitador Joseph de Gálvez dispuso reubicar en la misión de Todos Santos a los pocos naturales que habitaban La Paz, a donde se trasladaron con su arraigada devoción por la virgen del Pilar, que fue adoptada en la nueva comunidad guaycura-pericú hasta la actualidad.
