En la primera parte dejamos al padre Juan requiriendo permiso para incorporarse a las misiones de Salvatierra; permaneció quince días más en México, dejó quien ocupara su lugar como procurador, dispuso las cuentas de su colegio y salió a California. En Querétaro y Guadalajara se entrevistó con sendos benefactores de la empresa californiana. En esta ciudad se enteró de que el barco San Joseph ya había salido con la carga.
Pasó a la villa de Sinaloa, a Ahome y a puerto Yaqui, donde fue disuadido de viajar en una precaria lanchita, por los peligros que ofrecía. Con cualquier pretexto fue a la playa, y una vez en ella subió tranquilamente a la canoa. Arribó a Loreto tres días después, el 19 de abril de 1701, fecha que conmemoramos hace apenas una semana en este mismo espacio periodístico.
Halló al padre Píccolo y a la demás gente de la sede misional en seria desesperación por ausencia de ayuda y noticias de la contracosta, pero a los pocos días llegó otra lancha con los recursos que tres meses antes había despachado el mismo Ugarte.
Salvatierra estaba en Sonora acompañando a Kino en un viaje de exploración hasta la desembocadura del río Colorado, y al regreso encontró la buena nueva de la llegada de Ugarte, a quien calificó de “grandísimo socorro espiritual.”
Por medio de Salvatierra pudo Ugarte conseguir la licencia para quedarse definitivamente en California, y éste por lo pronto quedó en la cabecera misional para aprender la lengua de los monquis, una rama lauretana de los guaycuras.
Píccolo debía trasladarse a la Nueva España, y así se confió a Ugarte la misión de San Francisco Javier Viggé-Biaundó. Emprendió solo su trabajo, que hizo consistir en enseñar y adoctrinar a los naturales y habituarlos al cultivo de la tierra y la cría de ganados.
Luego de los actos religiosos de la mañana y el frugal desayuno, conducía a sus aprendices a la construcción de la iglesia y las casas, o al desmonte de las tierras para cultivo, o hacer presas y zanjas para el riego, o a plantar árboles frutales y cepas, o a mover y disponer la tierra para recibir las semillas.
El sacerdote era maestro y capataz, carpintero, albañil y peón de todos los oficios, y todo ello en medio de una etnia poco dispuesta a cambiar sus costumbres e irrestricta libertad.
En los últimos días de junio de 1704 llegó su hermano Pedro, ya ordenado sacerdote, con el padre Juan de Basaldúa. Aquél fue asignado a Loreto y Basaldúa a San Javier con el padre Juan.
Salvatierra debió salir de California con carácter de autoridad de la Compañía de Jesús y dejó en su lugar a Ugarte; éste encargó los asuntos de Loreto a su hermano Pedro y él volvió a sus trabajos en San Javier, donde logró obtener abundantes cosechas de trigo, maíz y otros varios granos, así como de vino para el culto en las misiones e incluso le alcanzó para intercambiar mercancías en Sinaloa y Sonora. Crio caballos y ovejas, con todo lo cual se hizo proveedor de todo el territorio misional, al mismo tiempo que hacía expediciones al interior de la jurisdicción a su cargo para atraer más fieles a su doctrina.
Salvatierra terminó su comisión y volvió a Loreto en los inicios de 1707, año que fue excepcionalmente improductivo para toda la Nueva España sobre todo por falta de lluvias; California sufrió la misma escasez pero fue subsanada por los trabajos, la previsión y diligencia de Ugarte, al grado de que la misión de éste fue calificada como la despensa común de todo el proyecto evangelizador.
Con buena cantidad de ovejas y carneros construyó un telar e hizo traer de Tepic a un maestro tejedor a quien pagaba con los productos de sus cosechas, para adiestrar a los nativos en este tipo de manufacturas, proveerlos de vestido y aun para vender.
El padre Juan María murió en Guadalajara el 18 de julio de 1717, pero había dejado previamente como superior a Ugarte, que continuó residiendo en San Javier.
Ugarte dirigió la construcción del primer barco fabricado en todas las Californias. Mandó llevar maestro de la obra y ayudantes a Loreto, y con éste, dos soldados, varios aborígenes y el padre Sebastián de Sistiaga penetró en la sierra de Guasinapí en septiembre de 1719. A treinta leguas de Mulegé halló gran cantidad de güéribos de buen tamaño y espesor.
Fue a Loreto y volvió a la sierra donde estuvo cuatro meses; bajo su dirección fueron cortados y desbastados los árboles, quedó abierto el camino de más de 160 kilómetros y se condujeron hasta la playa las maderas con que fue construida la balandra proyectada, a la que el religioso dio el nombre de Triunfo de la Cruz, la cual fue botada el 14 de septiembre de 1720. En esa misma nave se trasladaron Ugarte y Jaime bravo, a quienes siguió por tierra el padre Clemente Guillén, a fundar la misión de La Paz, el 3 de noviembre de ese mismo 1720.
Murió Juan de Ugarte el 29 de diciembre de 1730 en su misión de San Javier, a los 68 años de edad y treinta de misionero en California. Su hermano Pedro le sobrevivió 15 años más. Del padre Juan existe en exhibición un retrato anónimo en el Museo Nacional del Virreinato, que se localiza en el antiguo convento de Tepotzotlán.
