Triunfantes los liberales y federalistas mexicanos de las luchas contra el conservadurismo y el centralismo, fue promulgada la Constitución de 1857; el teniente coronel sudcaliforniano Manuel Márquez de León fue diputado al Congreso Constituyente pero estuvo impedido de asistir a las sesiones porque recibió la comisión de aplacar algunos disturbios que aún quedaban en el país. En su lugar aparece la firma de un señor Mateo Ramírez.
La nueva Constitución fue aceptada con gran entusiasmo en el sur de la península. Sin embargo, las tropas locales reconocieron el plan de Tacubaya, que desconoció a la nueva Constitución, y así la sociedad regional comenzó a conspirar por la vigencia de la nueva Carta Magna.
En septiembre del año siguiente, Márquez de León convocó a la unificación de los pueblos del sur del territorio y lograron hacer rendir al gobernador Diego Castilla y a sus militares, con lo cual esta entidad quedó dirigida por el sector liberal, que exhortó a representantes municipales para integrar una Asamblea Legislativa que, entre otras determinaciones, tomó la de declarar al territorio de Baja California como parte integrante de la nación mexicana, que “acatará y defiende la Constitución de 1857” y que, “en tanto dure la guerra civil se gobernará con absoluta independencia del resto de la república, hasta que, restablecido el orden legal, se sujete de nuevo a lo que disponga el Congreso de la Unión.”
Lejos de tratarse de un acto de separatismo, esta decisión obedecía a la necesidad de preservar para la república federal y liberal esta parte de la nación, en espera de que Benito Juárez asumiese la presidencia del país, debido a que en tales momentos enfrentaba al partido Conservador y los inicios de la Intervención Francesa.
Aparte de eso, el mismo Márquez de León llevó a dos centenas de hombres a Mazatlán como aportación de su tierra a la causa juarista. Con estas y otras tropas, el sudcaliforniano tomó por mar el puerto de San Blas.
El gobernador Jerónimo amador, quien había sido nombrado por el presidente Juárez, se significó principalmente por los abusos que cometió a base de una desproporcionada carga de impuestos a los habitantes de la entidad, lo cual ocasionó su remoción y la designación de Manuel Clemente Rojo en su lugar, cuyo primer acto fue abrogar las injustas cargas de Amador. Enseguida decretó otras disposiciones de singular beneficio para la entidad.
En 1862 fueron descubiertas varias vetas de plata en la zona de San Antonio, lo cual vino a aliviar un poco las penurias de la región. Tanto fue el auge minero que atrajo la inmigración de gran cantidad de gente de la Alta California. En esa avalancha humana llegaron verdaderos mineros pero también especuladores y estafadores que se dedicaron a la venta de acciones de supuestas empresas de exploración y explotación de plata.
Un negocio de este mismo tema pero de naturaleza diferente fue la concesión que el presidente Juárez otorgó el 30 de marzo de 1864, a cambio de la correspondiente ganancia económica, al norteamericano Jacobo P. Leese para colonizar los terrenos baldíos desde La Paz hasta San Felipe,
Más tarde, la compañía Leese traspasó sus derechos a la empresa neoyorkina Lower California Company, cuyos fines eran de especulación y fraude. Su campo de acción fue bahía Magdalena y mandó publicar anuncios en los periódicos de Alta California que invitaban a adquirir en Baja California tierras gratis y riqueza fácil para todos. Llegaron algunos ingenuos que cuando se dedicaron a la apertura de pozos fueron arrestados por las autoridades locales. Enseguida se puso a explotar y comercializar la orchilla; para ello llevaron algunos centenares de neoyorkinos que pusieron a recolectar el liquen en condiciones de esclavitud; con ello obtenían utilidades y daban la apariencia de estar cumpliendo sus compromisos de colonización.
Finalmente terminó esto con el fracaso de la empresa, lo que permitió a la nación recuperar esas tierras.
Otro trastorno público fue el decreto del gobernador Félix Gibert que en 1865 puso a la península bajo el imperio de Maximiliano. De inmediato se levantó en armas la población dirigida por el coronel Clodomiro Cota y fue confirmada la pertenencia regional a la nación.
Irreprochable luchador por la república, Manuel Márquez de León debió enfrentar al presidente Benito Juárez por sus continuas reelecciones, y más tarde al presidente Porfirio Díaz por su incumplimiento de los compromisos que lo llevaron al poder, al grado de que el mismo californio encabezó la primera revolución en el país contra lo que comenzaba a ser la dictadura de Díaz, el 22 de noviembre de 1879, hace hoy 141 años, en que lanzó su manifiesto revolucionario.
El movimiento debió ser cancelado por falta de elementos para conseguir sus objetivos, pero dejó una lección perenne de dignidad y espíritu democrático a las generaciones posteriores de calisureños.
